Cieniste miejsca lasu pokrywa warstwa miniaturowych choinek. Kłącza wiją się w ziemi i pomagają rozprzestrzeniać się roślinie, która masowo wyrasta w borach świerkowych, dębowo-świerkowych, jak również w lasach liściastych (w łęgach i grądach). Pędy z reguły wznoszą się na wysokość kilkunastu centymetrów, ale potrafią mierzyć nawet pół metra i dzielą się na zarodnionośne oraz płone. Pierwsze są jasnobrunatne i nierozgałęzione, lecz po pewnym czasie upodabniają się do pędów płonnych, rozgałęziają się i zazieleniają. Gdy zarodniki zostają uwolnione kłos zarodnionośny odpada. Pędy płonne od początku są miniaturowymi choinkami, wiotkie, delikatne i jasnozielone, a pojedyncze gałązki zwisają w dół. Liście zrośnięte są w charakterystyczne pochewki, a ich wygląd i zakończenie, czyli ząbki, są ważną cechą diagnostyczną. U skrzypu leśnego ząbki pochew są ostre, zrośnięte, tworząc od 3 do 6 łatek.