Szlaczkoń szafraniec jest gatunkiem motyla dziennego, który zarówno w Polsce, jak i w wielu rejonach Europy jest skrajnie narażony na wyginięcie. Zajmuje on jedno z pierwszych miejsc na Czerwonej Liście Motyli Dziennych Europy, co pozwala go uznać za najcenniejszy gatunek motyla dziennego występującego w naszym kraju. Został objęty ścisłą ochroną w Polsce i innych krajach, jest także objęty programem Natura 2000.
W Puszczy Białowieskiej szlaczkoń szafraniec obserwowany był w latach 50-tych i 60-tych ubiegłego wieku, w miejscach suchych i nasłonecznionych (kserotermicznych), gdzie występuje jego roślina pokarmowa, tj. szczodrzeniec ruski. Od tego czasu obserwowano go na omawianym obszarze coraz rzadziej, a przeprowadzone w ostatnich latach poszukiwania nie przyniosły żadnych nowych stwierdzeń. Przyczyny zaniku populacji szlaczkonia szafrańca są różnorakie, a jednym z głównych czynników odpowiedzialnych za to zjawisko jest pogorszenie stanu jego siedlisk, wynikające między innymi z zaniechania ekstensywnego użytkowania lasów i łąk, w tym umiarkowanej gospodarki leśnej, wypasu zwierząt, czy ręcznego koszenia łąk. Takie sposoby użytkowania zapewniały zróżnicowanie krajobrazu, a tym samym obecność na stosunkowo niewielkim obszarze mozaiki łąk, pól i lasów, będącej środowiskiem życia tego pięknego motyla.