„Natura 2000” jest najmłodszą spośród wszystkich, obowiązujących w Polsce form ochrony przyrody i pojawiła się wraz z wejściem Polski do Unii Europejskiej, jest to bowiem system opracowany przez instytucje europejskie. Na podstawie dwóch dyrektyw Parlamentu Europejskiego, w sprawie ochrony dzikiego ptactwa i w sprawie ochrony siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej fauny i flory, obowiązkiem stało się wyznaczenie odpowiednich obszarów specjalnej ochrony ptaków (OSO) oraz obszarów ochrony siedlisk (SOO). Załączniki do dyrektyw precyzują jakie dokładnie organizmy i typy siedlisk mają być objęte ochroną. 

Przez wiele lat trwały prace nad klasyfikowaniem i poszerzaniem sieci Natura 2000. Ustalenia oparte są pracą naukowców w terenie, wieloma analizami i konsultacjami społecznymi. Obecnie formą tą objęto prawie 20% lądowej powierzchni kraju, ze 145 obszarami ptasimi i 849 siedliskowymi, którymi zarządza Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska, a ich funkcjonowanie koordynują właściwe Regionalne Dyrekcje Ochrony Środowiska.

W Puszczy Białowieskiej został wyznaczony jeden duży obszar, opatrzony kodem PLC200004, na którym występują zarówno cenne gatunki ptaków (45 ujętych w dyrektywie) jak i siedliska oraz gatunki innych zwierząt i roślin (39). Występuje tu około połowa gatunków flory naczyniowej Polski, ponad 300 gatunków mchów, około 260 gatunków porostów i ponad 1200 gatunków grzybów wielkoowocnikowych. 

Wymienionych w dyrektywie 12 rodzajów siedlisk pokrywa łącznie około 80% powierzchni obszaru, który wyróżnia się dużym udziałem starych drzewostanów i martwego drewna, co sprawia, że ma ogromne znaczenie w zachowaniu różnorodności biologicznej. Tak wielki obszar o charakterze puszczańskim i zróżnicowanej strukturze warstwowej jest doskonałą ostoją dla dużych drapieżników, jak wilki i ryś, a także najważniejszym miejscem występowania żubra w Polsce.