Populacja muchołówki białoszyjej w Polsce jest stabilna, choć nie zalicza się do populacji licznej. Ciekawostkę natomiast na pewno stanowi fakt, iż większość krajowej populacji lęgowej przypada właśnie na lasy Puszczy Białowieskiej.

Muchołówki białoszyje uwielbiają grądy i stare lasy liściaste obfitujące w powalone pnie, oraz drzewostany, w których łatwo o dziuple, o które zresztą konkurują z innymi ptakami dziuplastymi. Zdarza się, że zasiedlają też budki lęgowe, choć tych w Puszczy Białowieskiej jest już jak na lekarstwo. Częściej można spotkać budki stare, zdemolowane, aniżeli zadbane, czy świeżo powieszone. Ma być dziko i naturalnie, jest zatem dziko i naturalnie.
Muchołówka białoszyja znajduje się w naszym kraju pod ścisłą ochroną gatunkową i stanowi niewątpliwą ptasią wartość dla lasów Puszczy Białowieskiej.