Niecierpek drobnokwiatowy naturalnie występuje w Azji Środkowej, a w Polsce i Europie jest  gatunkiem inwazyjnym. Wprowadzony do ogrodów botanicznych, wraz z transportem dość szybko rozprzestrzenił się na kontynencie. W Polsce pojawił się już w połowie XIX wieku. 

Roślina ta występuje przeważnie w żyznych lasach liściastych, gdzie może tworzyć zwarte, jednogatunkowe populacje. W Puszczy Białowieskiej szczególnie licznie spotykamy go na powierzchniach pokornikowych (Rezerwat Starzyna). Wypiera tam rodzime gatunki z runa oraz zaburza właściwości fizyczne, chemiczne i biologiczne gleby. BPN w Białowieży prowadzi szereg prac polegających na wyrywaniu roślin zanim wypuszczą nasiona.

Przykładem innego gatunku inwazyjnego, występującego w Puszczy Białowieskiej jest klon jesionolistny, który pochodzi z Ameryki Północnej i Środkowej.