Na przełomie czerwca i lipca 1944 roku rozpoczęto na Wileńszczyźnie akcję „Burza”, której celem miało być m. in. opanowanie Wilna. Brygada nie wzięła w nim udziału. „Łupaszko” zebrał dowódców swoich szwadronów i zakomunikował im, iż „nie ma zamiaru defilować przed Ruskimi w Wilnie”.

O tym dylemacie Łupaszko mówił: „Trudno, panowie, widocznie generał „Wilk” nie mógł inaczej. Oświadczam wam, że ja też inaczej nie mogę. (...) W tej defiladzie udziału nie weźmiemy. Dowódcy zwracam się do was (...) pójdźcie teraz do swoich ludzi i powtórzcie im to co wam powiedziałem”. Padły też słynne słowa: „Niech mnie historia osądzi, ale nie chcę, żeby kiedykolwiek nasi żołnierze byli wieszani na murach i bramach Wilna”.

Wkrótce okazało się, że to „Łupaszko” miał rację. Pojawiły się pierwsze informacje o aresztowaniu polskich oddziałów przez Sowietów. 5 Wileńska Brygada AK przestała formalnie istnieć, ale Szendzielarz z grupą żołnierzy przedostał się do Puszczy Białowieskiej.

I tu zaczyna się interesujący nas czas w działania Brygady. „Łupaszko” z resztkami Brygady podporządkował się 20 września 1944 roku komendantowi Okręgu Białostockiego AK ppłk. Władysławowi Liniarskiemu ps. „Mścisław”.

Otrzymał rozkaz, by trwać w Puszczy Białowieskiej i zająć się zorganizowanie kadrowego oddziału, składającego się głównie z rozbitków z wileńskich i nowogródzkich oddziałów AK. Na początku listopada 1944 roku do oddziału dołączył oficer BiP Okręgu Wileńskiego AK ppor. Lech Beynar, znay później jako pisarz Paweł Jasienica.

10 listopada „Łupaszko” otrzymał z rąk płk. Liniarskiego awans na stopień majora. Zimę udało mu się przetrwać wraz z oddziałem na terenie Obwodu AK Bielsk Podlaski. Na początku 1945 r. Liniarski mianował „Łupaszkę” komendantem partyzantki Okręgu Białostockiego Armii Krajowej Obywatelskiej (AKO).

W kwietniu 1945 nastąpiła mobilizacja 5 Brygady Wileńskiej w okolicy wsi Oleksin w powiecie Bielsk Podlaski. Rozpoczęły się walki z regularnymi oddziałami Armii Czerwonej, NKWD, LWP, KBW, a także grupami UB i MO.

Likwidowano też zdrajców - agentów komunistycznych i członków PPR. Niszczono struktury organizacyjne nowej władzy - urządzano zasadzki, rozbijano posterunki MO i urzędy gminy.

Warto wspomnieć m. in. o Bitwie na Topile z maja 1945 r. Była to jedną z większych bitew na Podlasiu, a największa w samej Puszczy Białowieskiej. Żołnierz pod dowództwem Zygmunta Błażejewicza „Zygmunta” z 5 Wileńskiej Brygady AK walczyli z obławą NKWD. W trakcie bitwy zginęli „Julek” i „Jastrząb”. W miejscowości znajduje się mogiła poległych.