Historycy odnotowują w kolejnych miesiącach liczne potyczki powstańców w Puszczach Białowieskiej i Knyszyńskiej – m. in. pod Zabłudowem, Orlą i Puchłami. Trwanie powstańczych walk niepokoiło rosyjskich dowódców. Naczelnik wojenny powiatu bielskiego płk Ametow w sierpniu 1863  r. informował zwierzchników, że w Drohiczynie, Siemiatyczach i Mielniku nie ma żadnej władzy policyjnej, a powstańcy werbują tam rekrutów. W związku z tym prosił o posiłki.

30 sierpnia w Głębokim Kącie Rosjanie znowu zaatakowali partyzantów. Ci wycofali się w głąb puszczy, unikając walki z przeważającymi siłami. Jak piszą Samarski i Danieluk ze względu na trudne  warunki  do walki, w tym brak pożywienia i niesprzyjającą powstańcom miejscowa ludność chłopską, Wróblewski zdecydował, by na okres zimowy oddziały powstańcze udały się na lewy brzeg Bugu. Do końca listopada większość powstańców opuściła Białostocczyznę. Komunikat rosyjskich władz z 6 listopada stwierdził, że powstanie zostało stłumione.

W trakcie i po Powstaniu Styczniowym drastyczne represje spadły nie tylko na powstańców, ale  i ludność cywilną. Jak pisał cytowany już Jarosław Szarek, okrucieństwo Moskali było tak nieludzkie, że nawet wielki książę Konstanty był – jak pisał – nimi przerażony i zalecać miał oficerom, by trzymali wojsko w karności. Żadnych efektów takich rzekomych instrukcji nie dało się jednak zauważyć. Władze powstańcze pisały o tym w swojej odezwie: „Dzikość mongolska z obłudą bizantyńską sprzymierzyły się, aby zabić nieszczęśliwą Polskę; nie dość Moskwie nieść wszędzie mord i pożogę, trzeba jej kłamstwem zabijać ducha narodu. Próżne jej wysiłki, by zabić to, co jest nieśmiertelne”.

Morderstwa, podpalenia całych wsi, wywózki – to były metody Rosjan. Sprawcą najbardziej bestialskich mordów był Michał Murawiew „Wieszatiel”, który w swoich pamiętnikach tak pisał o swoim dziele:  „Pierwszą rzeczą, którą zrobię po przyjeździe do Wilna, będzie to, że rozstrzelam księdza… Polacy nie wierzyli, że się na to zdecyduję; gdy zaś zobaczyli to w samej rzeczy, a nie w słowach, opanował ich wszystkich strach. Płaczu i krzyku było dużo w mieście…”. 3 czerwca na Placu Łukiskim rozstrzelany został ks. Stanisław Iszora.