Gniazda bociana czarnego ulokowane są na starych, wysokich drzewach - ptaki te preferują dęby i sosny. Nic dziwnego, że potrzebują solidnych rozłożystych konarów, gniazdo może mieć nawet średnicę 2 metrów i ważyć kilkaset kilogramów. Umieszczone są dość wysoko od 4 do nawet ponad 20 metrów nad ziemią. Zbudowane ze szczelnie ułożonych gałęzi, są przez bocianich mieszkańców stale rozbudowywane i naprawiane.